se usi mx2004, puoi fare come ha detto dioz, in piu' potresti sfruttare la nuova funzionalita' del pannello "Project".

Sintetizzando:
Crei un progetto flash che punta su una cartella dove stanno tutti gli swf ed i fla ed il file .as.
Modifiche il file .as
Lanci la compilazione e non devi riaprire tutti i fla ma ci pensa mx2004 a compilare tutto quello che sta dentro la cartella su cui il progetto punta.

Fammi sapere dovrebbe funzionare........

Ciao