Il javascript va bene, gli spider non lo seguono di sicuro.

Tieni conto che in genere all'interno del tag iframe è bene mettere una specie di mirror o riassuntio del contenuto testuale della pagina che poi appare dentro l'iframe stesso.

Questo perchè anche se gli spider seguiranno il link che tu hai messo la pagina su cui andranno, in genere avrà PR + basso dell'altra, (a meno che non sia linkata da altre ecc.)