risolto, posto tutto così magari puo' tornar utile a qualcuno.

Nell'html:

<object id="finestra" type="application/x-oleobject" classid="clsid:adb880a6-d8ff-11cf-9377-00aa003b7a11">
<param name="Command" value="Minimize">
</object>

Nel pulsante flash:

on (release) {
getURL("javascript:finestra.Click()");
}

Testato, funziona, ma solo su IE.

Byez!