Non solo; devi anche settare il classpath in maniera tale che la JVM "capisca" dove andare a prendere i file .class; nel senso che se compili in c:\temp, il file .class della tua classe java verrà creato in c:\temp; ma se la virtual machine non ha il path assegnato non saprà dove cercare il .class, tenterà di trovarlo nella directory di lavoro che dovrebbe essere c:\j2sdk1.4....\bin e non lo troverà.... quindi nasce l'errore.
In ambienti IDE come JCreator penso che il funzionamento sia simile a quello di JBuilder e cioè quando crei la classe o il progetto setti già il percorso di dove si troveranno sorgenti e classi, quindi la VM dell'IDE saprà dove prendere i file .class e non ti genera l'errore. Ciao