Ciao. Puoi utilizzare la classe Runtime; ad esempio, supponendo che il file che vuoi aprire si trovi nella cartella c:\MyFiles e che si chiami pippo.html:

import java.io.*;


.
.
.

String pippo = "C:\Programmi\Internet Explorer\IEXPLORE.exe c:\MyFiles\pippo.html";
try{

Process p = Runtime.getRuntime().exec( pippo );
}catch( IOException ioe ){
}

Ciao