2 possibilità:

1) utilizzi le dimensioni in %: invece, ad esempio, di mettere width=300 metti width=40% e ti diventa il 40% della pagina, indipendentemente dalla risoluzione

2) fai 2 siti paralleli, uno per la 800x600 l'altro per la 1024x768 e metti una pagina introduttiva che scelga automaticamente quale dei due farti vedere (cos'era screen.width screen.height per prendere le dimensioni dello schermo?)