Dipende!

Se le pop-up che vuoi lanciare da flash le carichi prima nel Flash tipo miniature potresti

caricare l'immagine della sua dimensione in un clip di comodo
con _visible=false

ricavare

W=clipcomodo._width
H=clipcomodo._height

// resize clipcomodo
//clipcomodo._visible=true

Cliccandoci sopra
potresti lanciare la tua popo-up dimensionandola in base ai valori di
W e H

getUrl("javascript:window.open('nomeimmagine','nNa me','width="+W+", height="+H+"');void()")

E' una ipotesi

Ciao