L'overhead è innegabile, ma riguarda la programmazione a oggetti in genere e non i layer nello specifico (tra l'altro ci sono i link ai benchmark nell'articolo).

Mettiamola così:

Il progetto è piccolo e non sarà mai davvero sotto pressione-> non ti accorgerai dell'overhead

il progetto è importante-> il vantaggio dato dal layer di astrazione è, secondo me, irrinunciabile e se ti accorgi di problemi utilizzi un bel compilatore di bytecode...o migliori l'hardware

Siti come phpclasses si servono di METABASE che, in assoluto, è il più pesante dopo ODBC