ehmm ..
c'è 1 po' di casino
<script>
var X=(screen.width/2)-150;
var Y=(screen.height/2)-200;

function doPopUP(pagina){
window.open(pagina, 'popup', 'width=300,height=400,left=' + X + ',top=' + Y + ',scrollbars=yes');
}

</script>
e nel body
popup1
popup2

sxo di nn aver fatto ank'io casino nel codice cercando di correggere il tuo

ps: niente "a capo" nello script js .. c'è 1 a capo, ma Da riga window.open A scrollbars=yes'); va tutto sulla stessa rigat