Ciao Daniele,
mi sembra stranissimo che l'inclusione di un file PHP sia più lenta del reperimento/trasformazione dei dati dal database, perchè in questo caso allora converrebbe magari serializzare qualsiasi cosa che sia serializzabile e metterla nel DB e ricorrere alle inclusioni solo quando strettamente necessario.
Ancora più strano che sia più rapido "parsare" da soli un file PHP anzichè servirsi dell'inclusione.

Ma se hai fatto dei benchmark ripetuti mi fido...anche perchè sicuramente è una buona idea salvare la configurazione su database.

La cosa importante è non scimiottare JAVA con le configurazioni XML (per via della totale assenza di persistenza in PHP), cosa che fanno quasi tutti i framework per PHP attuali (WACT e PHRAME esclusi).
Da notare che l'assenza di persistenza in PHP è voluta, per evitare che i guai combinati danuo script possa ripercuotersi successivamente sull'intera applicazione