Un sito in flash lo puoi fare un pò come ti pare a livello di dimensioni, soprattutto se lo fai partire in una popup.
Cmq tieni presente che ora come ora la dimensione standard per una pagina web è 760x420 (ovvero una 800x600 dove si tolgono i pixel occupati per le varie barre degli strumenti, menù e altre cosine che ognuno ha).