PR= page rank, è il voto che google da alla pagina in base a tanti fattori come vedi spiegato qui: http://www.google.it/intl/it/why_use.html
il PR dei siti lo vedi installando la toolbar di google con la quale puoi vedere anche facilmente se la pagina è nella cache

se le pagine non vengono indicizzate avrai un PR basso perchè il sito risulta a google privo di interesse e quindi ammesso che le keywords di ricerca siano presenti nella home non risulterai comunque nelle prime posizioni, inoltre se le keyword di ricerca sono presenti solo nelle pagine non indicizzate non apparirai per niente.

Ti consiglio di segnalare la map, da li lo spider dovrebbe raggiungere tutto il sito perche sono link testuali
inoltre se riesci senza penalizzare il layout delle pagine potresti mantenere il menu js ma creare un piccolo menu orizzontale con link di testo in basso in ogni pagina, che oltretutto serve anche per qui browser che non riuscissero a visualizzare correttamente il menu js