la compatibilità tra browser mi forza a seguire la strada della popup e non quella del JS.
In realta` le cose non stanno cosi`.
JS e popup non sono alternative o contrapposte. Sono due tecnologie diverse.
Una popup si puo` lanciare tramite JS e dentro una popup ci puo` stare del codice JS.

Eventualmente la alternativa e` tra popup e <div> con posizionamento assoluto, oppure con iframe.

Tieni presente che le popup diverranno deprecate con le prossime versioni dei browser, come pure lo diverranno i frame (e credo anche gli iframe), per cui la soluzione con i <div> e` quella maggiormente consigliabile.

Ciao
Michele