Dipende...se sulla partizione C: hai installato qualcosa?
Se devi installare un SO perchè hai formattato tutto hai due opzioni:
Con fat32 hai una migliore gestione del file system, dello spazio occupato e (dicono) una migliore stabilità.
Con Ntfs hai miglior criteri di protezione nel caso il tuo pc sia utilizzabile da più di un utente.
In ogni caso è meglio che tu non esegua la formattazione veloce...almeno nella partizione primaria , dove installerai il SO, se lo devi installare.
ciao.