In effetti era solo un problema di sintassi...
grazie per le illuminazioni!

codice:
function ModPrezzo(btn) {
	if ((event.keyCode == 13) || (btn == "1")) {
		var prezzo
		var sco1
		var sco2
		if (document.forms.FrmModPrz.txt_PrzPers.value != "")
		{
			prezzo = document.forms.FrmModPrz.txt_PrzPers.value
		}
		else
		{
			prezzo = "<%=request.querystring("PrzList")%>"
		}	
		if (document.forms.FrmModPrz.txt_Sco1Pers.value != "")
		{
			sco1 = document.forms.FrmModPrz.txt_Sco1Pers.value
		}
		else
		{
			sco1 = "<%=request.querystring("Sco1List")%>"
		}
		if (document.forms.FrmModPrz.txt_Sco2Pers.value != "")
		{
			sco2 = document.forms.FrmModPrz.txt_Sco2Pers.value
		}
		else
		{
			sco2 = "<%=request.querystring("Sco2List")%>"
		}
		window.opener.location="Ordini.aspx?PrzMod=" + prezzo + "&Sco1Mod=" + sco1 + "&Sco2Mod=" + sco2 + "&codCliente=<%=request.querystring("codCliente")%>&CodArt=<%=request.querystring("CodArt")%>&Qta=<%=request.querystring("Qta")%>&scelto=ok"
		window.close()
		return true
		}			
	}