Dennis si e` dimenticato di trasformare le stringhe in numeri.
Prova cosi`:
codice:
function controlla(ff){
  var uno = parseFloat(ff.testo1.value);
  var due = parseFloat(ff.testo2.value);
  if(uno > due){
    alert('Il primo è maggiore');
  } else {
    alert('il secondo è maggiore')
  }
}
Nota che in questo caso i numeri devono avere il punto che separa la parte decimale.

Ciao
Michele