io ho il piede che sta sempre a fondo pagina, sia che la pagina scrolli, sia che la pagina stia tutta nella finestra del browser.
Questo lo risolvi con la tecnica che ti ho suggerito.
Il problema è che ho due colonne di due colori diversi, che vorrei si adattassero anche loro alla finestra, se la pagina non scrolla, esattamente come fa il piede
Per questo problema normalmente si procede dando un colore di sfondo al contenitore principale ed uno alla colonna centrale(con più contenuti), in questo modo la colonna laterale(con meno contenuti e quindi più corta) sembra estendersi per tutta l'altezza della pagina non avendo nessun colore di sfondo, che io sappia non si può fare altrimenti perchè non puoi adattare l'altezza di una colonna in base a quella più lunga come con le tabelle.

Nel tuo caso avendo il footer sempre agganciato in basso ed il contenitore principale sempre alto al 100% questa soluzione non va bene, io ho risolto dando al contenitore un'immagine di sfondo che in pratica fa sembrare le due colonne alte sempre al 100% anche se in realtà non lo sono, più o meno come in questo articolo: http://www.alistapart.com/articles/fauxcolumns/