Vedi cosa contengono le variabili nello script:

var s1 = document.NOMEFORM.NOMESLECT1;
var val1 = parseInt(s1.options[s1.selectedIndex].value);
var s2 = document.NOMEFORM.NOMESLECT2;
var val2 = parseInt(s2.options[s2.selectedIndex].value);
alert("prova - val1="+val1+" - val2="+val2);

if (val1 >= val2) {
alert("scelta errata");
return false;
} else {
return true;
}

Inoltre ci potrebbero essere dei problemi di implementazione. Se non riesci da solo, posta il form completo e la funzione completa (in questo post si vede solo un pezzetto della funzione)

Ciao
Michele