Anch'io avevo il tuo stesso problema per lo stesso programma che devi fare tu...

Il problema sta nel fatto che il file per leggerlo correttamente non basta aprirlo in lettura, ma devi aprirlo in lettura binaria in questo modo: "rb"

Infatti la modalità di lettura normale è usata per i file di testo mentre se vuoi copiare carattere per carattere devi fare così..

ciao ciao