devi salvarti il settore di boot del secondo disco con linux in un file con questo comando: dd if=/dev/hda of=/tuadir/linux.bin bs=512 count=1
Ti creerà il file linux.bin, poi lo devi copiare sul tuo disco C (quello dove hai windows) e devi dire al bootloader di windows di usare quel file per avviare Linux ma non ricordo come si fa
Ricordati che se aggiorni o ricompili il kernel diovrai rifare tutto da capo.