Ho quasi trovato la soluzione...
Se gli do estensione .command il file mi diventa eseguibile e facendoci doppio-click mi esegue le istruzioni al suo interno. Il problema è che le istruzioni vengono lanciate dalla "home" dell'utente e non dalla cartella in cui è situato il file .command.
(esempio il file si trova sulla scrivania: "Users/nomeutente/desktop/cartella" ma se gli faccio fare un pwd mi sputa "Users/nomeutente")
Se non trovo il modo di dirgli che i comandi devono essere lanciati dalla directory di appartenenza sono punto e a capo...