Adesso non ricordo bene precisamente, ma se ritrovo il paragrafo dove si parlava di questo te lo copio.
Comunque un'app .NET se ha delle dipendenze (dll) prima le cerca nella cartella dove risiede l'eseguibile avviato, poi nelle cartelle con il nome (e quì nn ricordo se il nome è quello dlele dll o del namespace ove sono state collocate) sempre nella dir dell'exe, poi mi pare ci agiunge alle cartelle il num di versione e se neanche così le trova riprova da capo ma nella cartella di sistema (tipo win/system32)
Spero di essere stato esaustivo.
In parole povere se le metti nella stessa dir dell'exe sei a posto
Ciao