<script language="javascript" type="text/javascript" src="menu.js"></script>

Se e` fatto di solo funzioni, va inserito nella head, se invece ci sono document.write (fuori dalle funzioni) o altre istruzioni da mettere nel body, devi inserirlo nel <body>.

Puoi vederlo come un include: lo script viene inserito nela pagina e ne viene a far parte.

Ciao
Michele