Leggiti questo articolo di Negatyve:
http://flash-mx.html.it/guide/view_l...guida=8&id=129
alla fine dello stesso spiega bene perché appare quel messaggio di alert.

L'articolo fa parte di una guida ben più ampia sull'interazione tra Flash e Javascript, dove puoi trovare altri articoli interessanti per risolvere il tuo problema.
Rimane il fatto che la chiusura della finestra chiamante darà sempre un segnale di "alert".