Scusate se mi intrometto, ma se hai il cd di win 2000 non hai bisogno del floppy di avvio, magari mi sbaglio, ma tutte le volte che l'ho installato ho usato solo il cd...o forse ho capito male?
Per il boot è sufficiente un bootfloppy...lo inserisci nel lettore e accendi il pc, con il comando fdisk puoi visualizzare le eventuali partizioni e, se necessario, rimuoverle e con format puoi formattare il disco per l'installazione del tuo SO, in questo caso penso win98.
Dopodichè inserisci il cd e lanci il setup.