Oltre a indent="yes" assicurati che output sia impostato su "html".

A me funziona il metodo che ti avevo descritto, infatti avevo il problema contrario..

Puoi fare una cosa del genere, se non ti interessa la posizione dei delimitatori del commento..

<xsl: tetmplate match="">

<xsl:comment>

<xsl:text>
Commento
</xsl:text>

</xsl:comment>

<div>

<xsl:apply-templates/>

</div>
</xsl:template>

A questo punto non ti assicuro che funzioni, ma dovresti ottenere qualcosa del tipo

<!--

Commento

-->

Spero ti sia utile.