Intendi cambiare i permessi del file appena creato, utilizzando la stessa applicazione Java? Se è così basta che l'applicazione giri sotto Linux in modo da poter richiamare il comando chmod:
codice:
try {
   Runtime r = Runtime.getRuntim();
   String [] comando = {"/usr/bin/chmod", "nomefile.sh"};
   r.exec(comando);
} catch (Exception e) { e.printStackTrace(); }
Ciao.