ciò potrebbe penalizzare il mio sito relativamente a Google e altri MdR?
Attualmente no, con tutta probabilità.

Però già i responsabili di qualche motore (ad esempio Google, ma sicuramente anche altri) ritengono che i pop-under siano una gran rottura e non si può escludere che in futuro la presenza di molti pop-under in unsito potrebbe essere usata come uno dei tanti elementi di valutazione della qualità del sito.

La regola che adotto per me stesso è: se è una rottura per l'utente (e quindi anche per me, visto che in primis sono un navigatore), non lo faccio.