per ovviare al problema del menu che come hai detto è probabile che si modifichi spesso puoi realizzare il menu in una pagina .php a parte e poi con il comando "inser into" puoi inserirlo automaticamente all'interno delle pagine come se tu utilizzassi frame (ma in realtà non li usi) ed il file del menu rimane solo uno, a parte come è già adesso.
I frame è meglio non utilizzarli anche perchè rischiano di renderti poco visibile il sito dai motori di ricerca:::