per non avere problemi con file che sono posizionati in altre cartelle, richiama il file CSS:

<link rel="stylesheet" href="/default.css" type="text/css">

mettere lo slash davanti al percorso del file è come mettere un riferimento assoluto; in questa maniera non avrai problemi anche con pagine in altre cartelle

ovviamente il richiamo al CSS lo metti solo nell'index, le altre pagine sono solo inclusioni e dal lato client (è il browser a caricare gli stili) è come se fossero nella pagina...

Domanda: se testi le pagine in locale, come fai a far funzionare le inclusioni? hai installato le SSI sulla macchina?