Con javascript puoi sostituire le scrollbar con immagini e non colorarle, o meglio puoi ma non fai altro che fare in un altro modo ciò che hai già tentato di fare
Ma c'è un problema, ovvero browser che hai, javascript che trovi, in pratica non c'è una vera standardizzazione nel codice.

Quirk Mode, ovvero: nel Web c'è un ente supremo il W3C il quale definisce quali che debbano essere gli standard da seguire, in materia di linguaggi, protocolli e modalità di utilizzo degli strumenti.
I produttori di "strumenti" implementano più o meno questi standard, manco a dirlo Microsoft è quella che più se ne frega dato che ha una posizione di predominio sugli screen browser.
Ora IE vede e interpreta il codice che tu scrivi a suo modo, ma lo fa in almeno due modi, ovvero: quirck mode, una specie di emulazione verso il basso, cioè verso le versioni precedenti di IE, e modalità standard, ovvero una modalità che si avvicina allo standard definito dal W3C.
Per fare questo bisogna inserire la DTD, ovvero la tavola dei contenuti, seguendo il link vedrai tutte quelle definite fino ad ora, se la ometti il browser lavora appunto in quirk mode.
C'è un ottimo tutorial su html.it se vuoi dare una letta a qualcosa di necessario