Anch'io tempo fa ebbi lo stesso problema, però a me, ad un certo punto, si bloccava il sistema.
Mi scrissi i nomi dei files, li prelevai da un altro windows 98, collegai l'hd ad un altro pc e li ricopiai.
Se vuoi, visto che ho windows 98 prima versione, pubblichi il nome dei files mancanti e cerco di farteli avere.