Ciao elfocaotico,

che "valore" (option) vuoi eliminare? Ti faccio un esempio per eliminare le opion selezionate
codice:
<script language="javascript">
function TogliOptionSelezionate(ss){
  for(i=ss.options.length-1;i>=0;i--)
    if(ss.options[i].selected)ss.options[i]=null
}
</script>
<form>
<select name="combo" size="5" multiple>
  <option value="1">uno</option>
  <option value="2">due</option>
  <option value="3">tre</option>
  <option value="4">quattro</option>
  <option value="5">cinque</option>
</select>
<input type="button" value="elimina option selezionata" onclick="TogliOptionSelezionate(this.form.combo);">
</form>