Fossi in te, penserei che ancora ci sia una infezione in atto...
La disinfezione l'hai fatta attaccando il disco ad un altro PC sicuramente non infetto, o dal pc stesso?
In questo secondo caso, è molto probabile che il pc sia ancora infetto, soprattutto quello che è nella cartella di System Restore, che ti consiglio vivamente di disabilitare.
Se sei invece sicurissimo di aver rimosso il virus, puoi provare ad eseguire:
SFC.EXE /scannow
E vedere se riesci così a riparare i file danneggiati.
Dopo dovresti anche rifare un giro su WindowsUpdate.
Ciao!