Di solito non è che si dice installare un'applicazione java: non la devi installare proprio
basta che sulla macchina client sia già presente la jre, e per questo gli installer forniti dalla sun sono già belli che pronti
Se vuoi puoi distribuire la tua applicazione come jar "eseguibile"
E cmq puoi anche dare un'occhio al tread in rilievo, che potrebbe magari servirti