Ti faccio un esempio (variabile a seconda del tuo SO) io ho win 2000:
Entri nel Prompt.

devi dare il percorso dove risiede il file che devi cancellare

es.
C:\Documents and Settings\[tuo nome utente]>

Se il file risiede sul desktop devi digitare:

cd desktop
e dare l'invio...ti appare questo:

C:\Documents and Settings\[tuo nome utente]\dektop>

tu ora dài il comando:

del prova.txt

dove prova.txt è il nome del file che devi cancellare, dài Invio e il file verrà cancellato.
Non ti assicuro che funzioni però puoi provare.
ciao.