Uhm per la grafica non saprei, molto dipende dal tuo stile.
Ti consiglio però qualcosa di leggero e professionale, non troppi colori diversi e soprattutto animazioni snelle, veloci e senza troppi fronzoli. Per i font, ti consiglio vivamente di sceglierne solo un paio (per esempio titoli/testo).
Le informazioni devono essere raggiungibili velocemente e possibilmente accessibili in pochi click. La struttura dev'essere chiara, bisogna poter sapere in ogni momento dove si è.
Grazie a flash puoi arrivare a spiegare i concetti anche tramite piccole animazioni, o grafici animati ecc; più che agli effettini di transizione delle slides o cose del genere punterei più su quello.
Per riassumere: credo che nel caso di una tesi, la grafica non sia il fine, ma solo un mezzo, che dev'essere usato nel modo giusto.