$fp = fopen("nomefile",a+);
fwrite($fp,"quello che vuoi");


così scrivi IN FONDO al file...

scrivere all'inizio sarebbe + macchinoso e non ne vale la pena secondo me.. perchè in lettura ti basta leggere il file con file() che ti restituisce un array.. e l'array chiaramente t elo puoi stampare anche dal fondo..

per il resto, per separare diverse "sezioni", devi usare dei caratteri particolari come separatori, ed usare lea funzione explode per dividere le sezioni