Da quel che so io la System.getProperty() non serve a leggere nulla dal registro di configurazione di Windows.

Semplicemente legge delle informazioni fornite dal S.O. (che esse risiedano anche nel Registro è un altro discorso).

Le proprietà leggibili tramite getProperty() sono le seguenti:
codice:
java.version                    Java Runtime Environment version 
java.vendor                     Java Runtime Environment vendor 
java.vendor.url                 Java vendor URL 
java.home                       Java installation directory 
java.vm.specification.version   Java Virtual Machine specification version 
java.vm.specification.vendor    Java Virtual Machine specification vendor 
java.vm.specification.name      Java Virtual Machine specification name 
java.vm.version                 Java Virtual Machine implementation version 
java.vm.vendor                  Java Virtual Machine implementation vendor 
java.vm.name                    Java Virtual Machine implementation name 
java.specification.version      Java Runtime Environment specification version 
java.specification.vendor       Java Runtime Environment specification vendor 
java.specification.name         Java Runtime Environment specification name 
java.class.version              Java class format version number 
java.class.path                 Java class path 
java.library.path               List of paths to search when loading libraries 
java.io.tmpdir                  Default temp file path 
java.compiler                   Name of JIT compiler to use 
java.ext.dirs                   Path of extension directory or directories 
os.name                         Operating system name 
os.arch                         Operating system architecture 
os.version                      Operating system version 
file.separator                  File separator ("/" on UNIX) 
path.separator                  Path separator (":" on UNIX) 
line.separator                  Line separator ("\n" on UNIX) 
user.name                       User's account name 
user.home                       User's home directory 
user.dir                        User's current working directory
Non credo che sia possibile leggere il registro di Windows tramite Java, se non utilizzando metodi nativi, in quanto Java si mantiene indipendente dal S.O. ed il Registro di Windows è una caratteristica peculiare di tale Sistema.


Ciao.