Forse ho capito il problema.

Quando inserisci il codice i link vengono convertiti in assoluto, ma questo non e` l'indirizzo corretto, dato che e` relativo alla posizione dove poi andranno sistemati, non relativo a dove vengono posizionati per il preview.

Se e` cosi`, cancella la mia osservazione che non hai capito.

Non ho una risposta, ma una serie di tentativi che puoi fare:

1-4. metti uno (o due) backslash davanti al primo punto (o a tutti e due);
5. applica escape() alla stringa;
6. trasforma qualche carattere (ad esempio i punti o le slash) nella corrispondente entita` (&qualcosa) o codice ASCII (#0qualcosa).

Dato che immagino non vuoi far cambiare le cosa all'utente che digita, devi elaborare la stringa dove mettevi l'alert, prima di inserirla nel innerHTML: in tal caso nel primo passaggio la stringa non viene riconosciuta come path e dovrebbe mantenersi uguale; nella successiva elaborazione invece dovrebbe essere riconosciuta come path e quindi trasformata in assoluta (ecco perche` della/e backslash).