1- assicurati di aver assegnato un nome alla finestra che apre la popup:

<script>
self.name="principale";
window.open(....)
</script>

2- nella popup:
<form ... target="principale" onsubmit="setTimeout('top.close()',1000);">

se pero' per inviare il form non utilizzi un normale pulsante submit (o image) devi chiudere la popup dallo script che invia il form.

ciao