al tempo ho risolto mettendo la funzione Js nel html della pag.
e da flash chiamavo la funzione passando un argomento:

------------------------html----------------------
function popup(page) {
newwindow = window.open(page, "", "width=700,height=400,scrollbars=yes");
window.opener = self;
}
---------------------------------------------------
------------------------flash----------------------
da chiamare
popup('mappa.htm')
---------------------------------------------------

Penso che tu possa fare la stessa cosa.