I moduli che vengono caricati all'avvio li trovi in etc/modules (almeno in debian). Secondo me tu hai i moduli necessari al funzionamento delle porte usb già nel kernel, ma non quello che permette di riconoscere le periferiche di archiviazione, tipo camere digitali e penne... ora purtroppo non mi ricordo come si chiama quel modulo...

Probabilmente all'avvio te lo carica perché l'hotplug riconosce la macchina, mentre a pc già acceso no. Prova a vedere cosa ti dice il comando "lsmod"...