Dovresti sostituire i BR con degli "a capo" veri e propri (altrimenti che textarea sarebbe?).

non conosco bene il tuo caso, comunque guarda qui:
codice:
<script language="javascript">
document.write('<textarea cols=40 rows=10>');
document.write('aaaaaa\naaaaaa\nbbbbb');
document.write('</textarea>');
</script>
Intendevi questo?

Per quanto riguarda le dimensioni di una textarea, essendo queste espresse in righe e colonne, potresti fare in modo che sia la tabella ad adattare le sue dimensioni alla textarea...

Ciauz