Il server non puo' decidere la finestra di destinazione... e' compito del client.

Devi restituire una pagina con lo script che apre la popup e richiede la nuova pagina al server...

<script>window.open('pagina_che_continua_l'elabora zione.php','nomePopUp','... parametri ...');</script>

A questo punto ti ritrovi due finestre... da riempire entrambe.

ciao