Si` e` piu` o meno la stessa cosa.
Trasformi la tua ora in oggetto Date(), fai la differenza e ritrasformi in ore, minuti, secondi.



var part = Date();
var arr = Date();
part.setHours(ore_part, min_part);
arr.setHours(ore_arr, min_arr);

var diff = arr - part;

var hh = Math.floor(diff/3600000);
diff -= hh*3600000;
var mm = Math.floor(diff/60000);
diff =- mm*60000;
var ss = Math.floor(diff/1000);

alert("differenza: "+mm+":"+mm+":"+ss)