Guarda, se è lo hai appena installato devi comunque aspettare un tot perché si connetta (parlo anche di ore). Comunque a me sembra che il problema sia un po' diverso... il file servers.ini è presente? Dovrebbe essere in /mldonkeyqualcosa.
Fai un ps aux, e controlla che sia in esecuzione ./mlnet (dopo averlo lanciato ovviamente)