Questo comando va sui repositories a controllare la versione dei vari pacchetti, ed aggiorna la loro lista, in modo tale che quando tu vai ad installarti qualcosa, il tuo sistema va a cercare sul rep il pacchetto che trova nella tua lista.

In altre parole, se sul rep viene aggiornato un pacchetto (per es dalla ver 1 alla 2) e tu non hai dato ancora apt-get update, il tuo sistema va a cercare il pacchetto ver. 1, che sul server non c'è più, e quindi non te lo installa. Devi comunque stare attento alle dipendenze, perché, se per esempio il pacchetto A che dipende dal pacchetto B passa dalla ver 1 alla 2, dopo aver dato apt-get update, se tenti di installare A nella nuova versione, potrebbe dirti di aver bisogno di una nuova versione di B, che ti installerebbe automaticamente. A questo punto però, se anche C dipende da B, installando anche B nella nuova versione, C potrebbe non funzionarti più. Chiaro?