(nota: io uso la debian, se tu hai un'altra distro alcune cartelle portebbero essere diverse)
Vengono lanciati all'avvio gli script che si trovano sotto /etc/rcX.d, dove X è il runlevel (da me 2), che sono dei link a file che si trovano in /etc/init.d.
In più, la tua interfaccia grafica potrebbe far partire altri programmi, che ad esempio per kde sono in .kde/Autostart