Basterebbe scrivere un programmino in c usato come cgi, magari usando l'ottima libreria cgic (http://www.boutell.com/cgic/).
In questo modo hai tutta la potenzialità di un programma scritto in c con una bella interfaccia web! :-)

Per quanto riguarda l'uso di linguaggi già lato server, ti consiglierei perl, specie se sei in ambiente unix che è molto, molto agevole.
:-)

Ciao!